على الرغم من أهمية التقويم البديل في تحسين أداء الطلبة إلا أن العديد من الدراسات أشارت إلى عدة صعوبات تحد من فعاليته وتشكل عقبات تعترض تطبيق هذا النوع من التقويم ويمكن توضيح أبرز هذه الصعوبات في قلة تدريب المعلمين على أدواته، وحاجته إلى الجهد المضاعف، والوقت الطويل من قبل كل من المعلم والطالب، وارتفاع تكلفته، وإن عدم اتقان المعلمين لأدواته واستراتيجيته دعا إلى الشك في موضوعية وصدق وثبات أدواته وبالتالي نتائجه، وأخيرًا صعوبة تغطية جميع مهام وأداءات الطلبة بشكل جيد نتيجة لكثرة المهام أو كثرة أعداد الطلاب.