رغم أهمية مدارس المتفوقين في العلوم والتكنولوجيا وأهمية الدور المتوقع منها إلا أن الدراسات حولها أظهرت بأن هذه المدارس تعاني من مشكلات عديدة، ومنها: ضعف الإمكانات والمخصصات المادية، وجمود اللوائح والقوانين وسيطرة الروتين والبيروقراطية على العمليات الإدارية، والعجز الكبير في المعلمين المتخصصين المؤهلين وضعف معايير اختيارهم، والضعف في البنى التحتية وفي مستوى اللغة الانجليزية للطلاب والمعلمين، وضعف الكوادر الإدارية. والسؤال: هل هذا واقع مدارس المتفوقين الثانوية للعلوم والتكنولوجيا في دولة مصر العربية، وكيف يمكن تطويره؟